Dentre os Programas Básicos Ambientais (PBA), para a construção da Ponte de Guaratuba, está o monitoramento de fauna, realizado trimestralmente, durante a fase de obras do empreendimento. A primeira etapa da atividade, após a emissão da Licença de Instalação, para monitorar a ictiofauna, ocorreu no início de maio. Tratando-se do conjunto de espécies de peixes que ocorrem em determinada região, eles desempenham funções essenciais na estruturação e funcionamento de ambientes aquáticos, pois participam ativamente na manutenção e equilíbrio da teia alimentar e ciclagem de nutrientes. 

Economicamente, são relevantes como fonte de proteína, sendo base de segurança alimentar de diversas comunidades, além de constituir grande parte dos recursos pesqueiros mundiais. De acordo com a bióloga do Consórcio Supervisor da Ponte de Guaratuba (CSPG), Aline Prado, a ictiofauna é importante para as comunidades tradicionais, como caiçaras e ribeirinhos. "Além de garantir a segurança alimentar, a pesca desses animais é uma atividade tradicional, a qual mantém viva a identidade, aspectos culturais, tradições ancestrais e conhecimentos empíricos dessas comunidades", afirma. Ela diz ainda que os peixes possuem relevância socioambiental, uma vez que integram atividades de lazer e ecoturismo, como pesca esportiva, mergulho recreativo e aquarismo de peixes ornamentais. 

Os peixes são considerados excelentes bioindicadores de qualidade ambiental devido aos seus hábitos de vida, mobilidade, posicionamentos na cadeia alimentar e fácil amostragem. De acordo com Prado, estudos revelam que a baía de Guaratuba é o segundo maior estuário do litoral do Paraná e abriga uma das maiores áreas úmidas preservadas do Brasil, "sendo vital para a reprodução e alimentação de diversas espécies de peixes de importância ecológica e econômica", completa. Desta forma, monitorar a ictiofauna nos períodos pré-obra e durante a instalação da Ponte de Guaratuba é crucial para compreender as espécies que ocorrem na região, o estado de conservação da baía e possíveis alterações nas populações presentes, bem como propor medidas que reduzam os impactos do empreendimento no habitat natural dos peixes da região e nas atividades pesqueiras locais.

Metodologias para Monitoramento da Ictiofauna:  

Para monitorar a ictiofauna da baía de Guaratuba, são utilizadas quatro metodologias, das quais três consideram profundidade, correnteza e substrato de cada área de amostragem, visando capturar peixes de diversos tamanhos e hábitos. 

Rede de espera: como o próprio nome já diz, necessita de espera para captura. A rede permanece armada por 12 horas, em pontos estratégicos próximos a desembocaduras de rios. Após esse período, os pesquisadores verificam a rede, registram as espécies capturadas e as soltam novamente no mar.

Rede de arrasto: é conduzida pelo fundo ou coluna d’água por 30 minutos em cada ponto amostral. O formato da rede e a velocidade de arrasto, permite que os animais sejam retidos em seu interior. Os pesquisadores então registram as espécies capturadas e as soltam no mesmo local de captura. 

Peneiras e puçás: consistem em armadilhas confeccionadas com rede e ensacador, instaladas em uma armação em forma de aro com cabo, para operação manual. São conduzidas por 30 minutos na superfície da água, para avaliar espécies presentes em ambientes muito rasos. 

Acompanhamento de desembarque pesqueiro: os pesquisadores fazem visitas às comunidades pesqueiras da região e acompanham os desembarques diários, registrando e contabilizando as espécies capturadas na pesca artesanal local. 

Registros de Ictiofauna:

Até o momento as famílias de peixes mais registradas são: pescadas e corvinas (Scianidae), caratingas (Gerreidae), e baiacus (Tetraodontidae). 

Já as espécies de peixes mais registradas até o momento são: corvina (Micropogonias furnieri), manjuba (Lycengraulis grossidens), carapeba (Eugerres brasilianus), baiacu (Sphoeroides greeley), parati (Mugil curema), bagre-urutu (Genidens genidens), linguado (Citharichthys spilopterus), robalo-peva (Centropomus parallelus) e sardinha-cascuda (Harengula clupeola).